Фамилия Жгуновский — одна из тех, где за привычным звучанием скрывается редкий и неочевидный корень. Её основа — не фамилия «Жгун» и не глагол «жечь» в прямом смысле, как может показаться на первый взгляд. В русских говорах словом «жгун» называли не поджигателя, а больно жалящее насекомое — овода или слепня. Прозвище Жгун давали человеку с едким, приставучим характером, от которого «не отмахнёшься». Иногда так называли и того, кто работал с огнём, например, кузнеца или обжигальщика извести, но вторая версия встречается реже.

Суффикс -ский указывает на польский или западнорусский путь образования фамилии. В отличие от массовых -ов/-ев, -ский в крестьянской среде был редкостью и чаще встречался у шляхты, духовенства или переселенцев с запада. Жгуновский — типичный пример фамилии, которая могла возникнуть в белорусских или украинских землях, где прозвище Жгун переоформили в фамилию по польской модели, добавив -овский. В России такие фамилии часто получали выходцы из Речи Посполитой, поступавшие на службу, или крещёные евреи, менявшие прозвище на «благородный» суффикс.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Жгун, Жгунов, Жгутов — показывает, что Жгуновский стоит особняком. Если Жгунов и Жгун — это прямые патронимы от прозвища («чей?» — сын Жгуна), то Жгуновский — это уже «принадлежащий роду Жгуновых» или «выходец из местности, связанной с Жгунами». Возможно, предок носителя фамилии был не просто Жгуном по прозвищу, а владельцем хутора или деревни, названной в честь него. Такая модель типична для мелкой шляхты, которая брала фамилию по названию своего имения.

Встречаемость фамилии низкая. Основной ареал — юг России, Беларусь и восток Украины. В XIX веке носители записаны как мещане и казаки, реже — как крестьяне. Дворянских гербов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её происхождение из служилой или сельской среды, а не из высшей аристократии.