Фамилия Жгун — одна из тех, что напрямую связаны с миром растений. В её основе лежит мирское имя Жгун, которое давали по названию зонтичного растения с белыми цветами и полушаровидными плодами. Это растение, известное в народе как жгун, широко распространено на Украине, в средней полосе России, доходит до Крыма и встречается в Сибири. Скорее всего, прозвище получил человек, живший в местности, где этого злака было много, либо занимавшийся его сбором или использованием.

Интересна и словообразовательная модель. Фамилия оформлена без типичного русского суффикса принадлежности (-ов, -ин, -ский), что указывает на её украинское или южнорусское происхождение. В этих регионах прозвища нередко переходили в фамилии в чистом виде, без дополнительных окончаний. Поэтому Жгун — это не «сын Жгуна», а сам носитель прозвища.

Встречается также версия, что корень «жг-» отсылает к глаголу «жечь». В этом случае Жгун могло быть прозвищем человека с горячим, вспыльчивым нравом или того, кто имел дело с огнём — например, кузнеца или углежога. Однако растительная этимология выглядит более убедительной, поскольку слово «жгун» как название травы зафиксировано в диалектах именно в южных и центральных областях России, где фамилия и получила наибольшее распространение.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Жгун стоит особняком. В отличие от более распространённых Жгуновых или Жгунов, эта форма сохранила исходное прозвище почти без изменений. Географически фамилия чаще всего встречается на Украине и в прилегающих к ней областях России, что подтверждает её связь с местной флорой и особенностями местного словообразования.