Фамилия Жидейкин образована от прозвища Жидейка, и её происхождение неоднозначно — здесь есть как бытовой, так и этнический след. Первая версия связывает прозвище с глаголом «жидить» (делать жидким, разжижать). В этом случае Жидейкой могли прозвать любителя негустой, жидкой пищи — похлёбки или каши. Вторая версия отталкивается от слова «жид», которое в русских говорах имело два значения: «скупой, корыстный человек» или «еврей». Прозвище могли дать запасливому хозяину либо указать на национальность предка. Не исключено, что Жидейкой называли русского, который поведением или внешностью напоминал еврея.

Ономастический словарь С. Б. Веселовского фиксирует родственные именования: Жиденкоинов Елсуфий (помещик, 1519 г., Переяславль) и Жиденко Михаил (помещик, 1578 г., Арзамас). Эти примеры показывают, что основа «жид-» в прозвищах была распространена в XV–XVI веках, особенно в центральных и северо-восточных русских землях. Фамилия Жидейкин закрепилась как отчество: сын Жидейки стал Жидейкиным. Суффикс -ин указывает на принадлежность к конкретному человеку, а не на сословную привязку — такую модель одинаково использовали и крестьяне, и служилые люди.