Фамилия Жигангалин с большой вероятностью восходит к составному тюркскому имени, и её разумнее всего разбирать по частям, а не искать единый корень. Первая часть — «Жиган» — это фонетический вариант имени Джихан (Cihan), что в переводе с персидского и тюркского означает «мир», «вселенная», «свет». Вторая часть — «Гали» — арабское имя, один из эпитетов Аллаха («Великий», «Высочайший») и одновременно распространённое мужское имя (Гали, Галей, Али). Сложение двух имён в одно — типичная для тюркской ономастики модель, где первое имя уточняет или усиливает второе. Таким образом, Жигангали можно перевести как «Великий мир» или «Вселенский Гали», а саму фамилию — как «потомок (или сын) Жигангали».

Суффикс -ин в конце указывает на русскую модель образования фамилий от тюркских основ. В Поволжье, Приуралье и Западной Сибири, где русские писцы фиксировали башкирские, татарские и казахские имена, окончание -ин добавляли к именам, оканчивающимся на гласный или мягкий согласный, точно так же, как в русских фамилиях от имён Тима, Вася или Кузьма. Поэтому Жигангалин — это не исконно тюркская фамилия, а русифицированная форма, возникшая в документах XIX — начала XX века, когда у нерусского населения массово закреплялись наследственные фамильные прозвания.

Само имя Жигангали — редкое, но не уникальное: оно встречается у башкир и татар, иногда в форме Жигангалей. В башкирском именослове есть и другие сложные имена с той же первой частью, например, Жигангир (Джихангир — «завоеватель мира») или Жиганша. Фамилия Жигангалин географически привязана прежде всего к Башкортостану и соседним областям (Оренбургская, Челябинская), а также к татарским общинам. Встречается в основном у башкир и татар, что подтверждает её происхождение от личного имени, а не от прозвища или профессии.

Вариантов написания в исторических документах может быть несколько: Жигангалин, Жигангалеев, Жигангалиев — последние два с другим суффиксом (-ев, -иев) встречаются реже, но образованы от того же имени. Разница в окончании объясняется разными правилами русификации: если имя записывали как Жигангалей, то фамилия получалась Жигангалеев. Фамилия Жигангалин — не массовая, что делает её хорошим маркером конкретного родового гнезда, а не широко распространённого прозвища.