Фамилия Жижакин звучит необычно, но её происхождение укладывается в несколько типичных для русских фамилий моделей. В основе лежит прозвище или мирское имя Жижака. Слово «жижа» в русских говорах имело несколько значений: чаще всего — жидкая грязь, слякоть, болото, но также и «навар», «похлёбка». Соответственно, Жижакой могли прозвать человека, который постоянно пачкается, живёт в болотистой местности, либо, по другой версии, любителя жидкой еды или человека сварливого, «кислого» характера.

Суффикс -ак в прозвищах часто придавал оттенок носителя признака (ср. простак, смельчак, добряк). От прозвища Жижака с помощью стандартного патронимического суффикса -ин и образовалась фамилия Жижакин, буквально означавшая «сын Жижаки». Модель с -ин характерна для основ на -а/-я (Жижака → Жижакин), что подтверждает прозвищное, а не топонимическое происхождение.

Интересно, что в некоторых говорах «жижа» могла означать и «смола», «дёготь» — тогда прозвище могло относиться к смолокуру или человеку, чья работа была связана с этими липкими веществами. Единичные случаи возможной связи с тюркским корнем (например, от слова «жизак» — «колючка») маловероятны: фамилия встречается преимущественно в центральных и южных областях России, где славянская основа очевидна.

В дореволюционных источниках фамилия фиксируется в основном среди крестьян и мещан. Встречаются варианты написания с одной «ж» (Жижакин) — это нормально для фамилий, где основа не осознаётся носителями как двусоставная. Редкость фамилии объясняется нечастым прозвищем, но её словообразовательная схема абсолютно прозрачна для русского языка.