Фамилия Жуперин — редкий случай, когда за основу взято слово, которое со временем кардинально поменяло смысл. Сегодня «жупел» ассоциируется с чем-то пугающим, чем стращают («пугать жупелом»), но исходное значение было совершенно иным. В древнерусском языке «жупел» (или «жупель») означал «горящая сера», «смола», «адский огонь». Слово это церковнославянского происхождения, обозначавшее не просто огонь, а серный жар преисподней. Соответственно, прозвище Жупел (или Жуперин) мог получить человек с горячим, вспыльчивым нравом — «огненный», «жгучий» человек. Вряд ли прозвище было негативным в современном смысле: в допетровской Руси называть человека «адским пламенем» могли либо в шутку, либо с оттенком уважения к его силе и несдержанности.

Модель образования проста: суффикс -ин указывает на принадлежность «чей?» — «сын Жупелы». Фамилии на -ин в центральной России и на севере (в Новгородских, Вологодских, Архангельских землях) образовывались от основ на -а/-я, поэтому Жуперин — это «Жупелин сын». Суффикс -ин здесь не уменьшительный, а притяжательный, как в фамилиях Пушкин, Репин или Кузьмин.

Интересно, что фамилия Жуперин — не единственная в этом гнезде. Существуют однокоренные Жупелов (от той же основы, но с суффиксальным оформлением на -ов, характерным для южных регионов) и Жупельский (с польским или белорусским оттенком). Жуперин же выглядит как исконно великорусская, привязанная к северной или центральной части России. Поскольку слово «жупел» вышло из бытового обихода (осталось только в книжной речи), фамилия не получила широкого распространения — она редкая, и её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких локальных родов.

Версия о том, что фамилия могла быть образована от имени Жупер (с перестановкой звуков) маловероятна: такого имени в святцах нет, а народная этимология здесь ничем не подкреплена. Наиболее убедительным остаётся объяснение через древнее слово «жупел» — с оговоркой, что предок носителя фамилии был человеком «огненным», а не «устрашающим» в современном понимании.