Фамилия Жуперина хранит в основе редкое слово — «жупел». В современном языке оно означает нечто пугающее, чем грозят или стращают, но изначальный смысл был конкретнее. «Жупел» или «жупель» в северных и сибирских говорах называли серу, горящую серу, а в переносном смысле — адский огонь, муку. Прозвище Жупел могли дать человеку с едким, язвительным характером, который «жёг» словом, или же тому, кто работал с серой, например, в кожевенном или пороховом деле. Есть и другая, менее вероятная версия: в некоторых диалектах «жупел» — это насекомое, овод, и прозвище мог получить назойливый или злой человек.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе Жупел- добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность. В русской ономастике фамилии на -ин чаще всего возникали от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а, -я, а также на мягкий согласный. Так что Жуперин — буквально «сын или потомок Жупела», а в женском роде — Жуперина. Ударение, судя по произносительной традиции, падает на второй слог: Жу́перина, хотя в некоторых семьях может смещаться на последний.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку Европейской России. Переписи XIX — начала XX века фиксировали Жупериных в Вологодской и Вятской губерниях, а также в Пермском крае. Это зона, где диалектное слово «жупел» было в ходу, и где фамилии от прозвищ, связанных с ремёслами или чертами характера, встречались особенно часто. Среди крестьянского и мещанского сословий фамилия не была массовой, но и не уникальной — держалась локальными гнёздами.

Интересно, что фамилия Жуперина не имеет никакого отношения к литературному «жупелу» в смысле «пугало», который популяризовал Салтыков-Щедрин в XIX веке. Прозвище возникло раньше и в народной среде. Поэтому носитель фамилии может смело отводить шутки про «жупел и меч»: его предки, скорее всего, были не пугалами, а людьми с острым языком или имели дело с сернистыми составами — вполне будничное ремесло для старой русской деревни.