Фамилия Жужнев образована от прозвища Жужень, и у этого прозвища — как минимум три разных корня. Самая неожиданная версия ведёт к молдавскому или румынскому слову jujau — так называли треугольное опоросное ярмо для свиней. Если это так, то прозвище мог получить мастер, делавший такие ярма, или торговец, который их продавал. Вторая версия лежит на поверхности и связана со славянским глаголом «жужжать» — то есть постоянно говорить, тараторить. Жужнем в таком случае называли разговорчивого, неумолкающего человека.

Третья версия выводит фамилию за пределы славянского мира. Жужнев может быть фонетическим вариантом фамилии Джужнев, и тогда её основа — кавказские корни. Точное значение корня «джуж» или «джуг» неизвестно, но есть несколько предположений. Прозвище Джуга с древне-грузинского переводят как «сталь» или «булат», а с осетинского — как «грязь». В чеченском языке есть слово «джюджэ», означающее «малорослый человек». Кроме того, у грузин в старину бытовало имя иранского происхождения Джуга, значение которого со временем утрачено. Все эти корни с равной степенью вероятности могли лечь в основу фамилии Джужнев, а затем перейти в форму Жужнев.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Жужень добавили суффикс принадлежности -ев, который указывает на «сына Жужня» или «человека из рода Жужня». Такая модель типична для русских фамилий, но сама основа оказывается неожиданно многослойной — от свиного ярма до грузинской стали.