Фамилия Зигуненко — яркий пример украинской модели фамилий, образованных от личного имени или прозвища с помощью патронимического суффикса -енко. Этот суффикс, характерный для Поднепровья и Левобережной Украины, буквально означал «маленький» или «сын»: Зигуненко — это «сын Зигуна». Основа здесь — Зигун, которая сама по себе требует разбора.

Слово «зигун» в украинских говорах имеет несколько значений, и этимология фамилии неочевидна. Самая вероятная версия связывает её с диалектным «зигун» — так в некоторых регионах Украины называли беглого крестьянина, бродягу или беспокойного человека. Слово могло произойти от польского «zygun» (бродяга, проходимец) или от немецкого «Ziegeuner» (цыган) через западнославянское посредство. В этом случае прозвище Зигун давали непоседливому, склонному к скитаниям человеку, и его сын становился Зигуненко.

Менее распространённая, но не исключённая версия — происхождение от звукоподражательного глагола «зигати» (звенеть, бренчать) или от названия музыкального инструмента (например, зига — разновидность дудки). Тогда прозвище могло закрепиться за музыкантом или шумным человеком. Однако в исторических источниках, включая реестры запорожских казаков, чаще встречаются прозвища с корнем «зиг-» именно в значении «беглец» или «цыган», что делает первую гипотезу более надёжной.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины (Полтавщина, Черкащина, Сумщина), откуда в XIX—XX веках распространилась на юг и восток Российской империи. В русской среде она не переоформлялась (не стала Зигуновым), сохранив украинскую модель. Интересно, что в отличие от фамилий на -ов/-ев, которые в России часто поглощали украинские формы, Зигуненко осталась маркером именно украинского происхождения рода.

Таким образом, носитель фамилии Зигуненко, скорее всего, потомок человека, которого в своём окружении прозвали Зигуном — либо за беспокойный нрав и склонность к перемене мест, либо, реже, за профессию или манеру поведения. Фамилия недворянская, крестьянская или казацкая по происхождению, что типично для украинских фамилий на -енко.