Фамилия Зиндяев — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Первое, что бросается в глаза: суффикс -ев, а не -ов, что указывает на основу, заканчивавшуюся на мягкий согласный или на ц. Второе — корень «Зинд-» не имеет прямых параллелей в русской лексике, поэтому искать здесь прозвище от названия ремесла или внешности — тупиковый путь.

Чаще всего фамилии с таким корнем выводят из тюркских языков. Наиболее правдоподобная версия: в основе лежит тюркское слово «зиндан» (тюрьма, темница, подземелье). В русских говорах «зиндаем» могли прозвать человека, связанного с тюремным делом — сторожа, надзирателя, или, напротив, того, кто сидел в заключении. В пользу этой гипотезы говорит и то, что фамилия встречается в регионах, где было сильно татарское влияние: в Поволжье, на Урале, в Оренбуржье. Мягкое окончание -яев (вместо ожидаемого -анов или -данов) могло возникнуть из-за адаптации на русской почве: «Зиндян» через форму притяжательного прилагательного «Зиндяев» дало современное написание.

Менее распространённая, но не исключённая версия — от имени или прозвища Зиндя, которое могло быть уменьшительной формой от крестильного имени Зиновий (через Зиня → Зиндя). Однако тогда фамилия скорее писалась бы как Зиняев или Зиньев. Появление буквы «д» в таком случае — результат диалектного вставного звука (эпентезы), что встречается в русских говорах, но делает эту версию слабее.

Есть ещё одна, сугубо локальная версия: в некоторых говорах «зиндя» означало нечто маленькое, невзрачное или суетливое. Но это единичные фиксации, и опираться на них без серьёзных диалектных словарей рискованно.

Что точно можно сказать: фамилия Зиндяев недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, сформировавшаяся в XVI–XVII веках в среде, где русские и тюркские элементы смешивались. Носители фамилии сегодня встречаются в основном в центральной России и в Татарстане, что косвенно подтверждает тюркскую версию.