Фамилия Зиновюева — редкий вариант написания более распространённой фамилии Зиновьев. Разница в одну букву («ю» вместо «ь») не меняет происхождения, но указывает на возможные особенности местного говора или ошибку в документах. В русских диалектах, особенно в южнорусских, мягкий знак иногда заменяли на «й» или смешивали с «ю» на письме, поэтому Зиновюев — это та же самая фамилия, но в нестандартной орфографической записи.

Основа фамилии — каноническое мужское имя Зиновий (от греческого Зенобиос — «жизнь Зевса» или «богоугодный»). В народной среде имя сокращали до Зиня или Зина, а отчество от него звучало как Зиновьевич. Суффикс -ев присоединяли к основам на -ий, -ей, -ай, поэтому фамилия образовалась по стандартной модели: «чей сын?» — Зиновьев, то есть потомок человека по имени Зиновий.

Вероятный предок носителей фамилии — крестьянин или мещанин, которого в официальных бумагах записали как Зиновюев вместо Зиновьев. Такое искажение часто возникало при переписях: писарь на слух передавал мягкий звук как «ю» (ср. Ильюшин вместо Ильишин). Географически вариант Зиновюев мог закрепиться в тех регионах, где аканье и яканье влияли на произношение окончаний, например, в Рязанской, Тамбовской или Воронежской губерниях.

С точки зрения словообразования фамилия ничем не примечательна — это типичное отчество от имени. Но именно орфографический сдвиг делает её любопытной для историка письменности: она показывает, как живая речь проникала в официальные документы. Если сравнивать с однокоренными фамилиями (Зиновьев, Зиновьевский, Зиняков), то Зиновюев — самая редкая форма, почти не встречающаяся в современных справочниках.

Социальный состав предков, скорее всего, был крестьянским или посадским: имя Зиновий в XVII–XIX веках было распространено именно в этих слоях, а дворянские роды Зиновьевых писались с твёрдым знаком и без вариаций. Так что носитель фамилии Зиновюева может с большой вероятностью считать, что его предки были людьми незнатного происхождения, а сама фамилия — результат случайной, но закрепившейся описки.