Фамилия Зиняхина — это женская форма фамилии Зиняхин, и её ключ к пониманию лежит в редкости суффиксальной модели. Если подавляющее большинство русских фамилий образовано суффиксами -ов/-ев или -ин, то здесь мы видим суффикс -ихин. Такая модель типична для северных и северо-восточных регионов России (Архангельская, Вологодская области, частично Поволжье). Фамилии на -ихин — это бывшие притяжательные прилагательные, отвечающие на вопрос «чей?»: Зиняхин — значит «сын или потомок Зиняхи».

В основе фамилии лежит личное имя или прозвище Зиняха. Скорее всего, это уменьшительно-ласкательная форма от крестильного имени Зиновий (от греческого «Зенос» — Зевс, «божественный»). В народной речи имя легко сокращалось: Зиновий → Зиня → Зиняха. Суффикс -ах(а) придавал имени фамильярно-бытовой оттенок, как в парах Федя — Федяха, Гриша — Гришаха. Таким образом, Зиняха — это «маленький Зиновий» или просто домашнее прозвище человека по имени Зиновий.

Менее вероятна, но не исключена версия от нецерковного прозвища Зиня или Зиняха, связанного с глаголом «зиять» (разевать рот, широко открываться) или с диалектным «зиня» (ротозей, разиня). В этом случае фамилия могла закрепиться за нерасторопным или рассеянным человеком. Однако, учитывая распространённость имени Зиновий в старину, антропонимическая версия выглядит убедительнее.

Социальный состав носителей фамилии Зиняхин/Зиняхина, судя по архаичной северной модели, — это в основном крестьяне и посадские люди, а не дворяне. Фамилия не встречается в родословных книгах знати, что подтверждает её «низовое» происхождение. Встречается она относительно редко, с заметной концентрацией в Нижегородской области и соседних регионах, что косвенно подтверждает миграцию северного населения в центральную Россию.