Фамилия Злогин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей — с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — «Злогин», то есть сын или потомок человека по прозвищу Злога. Сама основа фамилии — Злог- — прозрачно связана с прилагательным «злой», но не в современном бытовом значении «сердитый, недобрый», а в более древнем, диалектном или прозвищном смысле.

В русских говорах слово «злога» могло означать не только злого, сварливого человека, но и, по некоторым данным, нечистую силу, беса. Однако в основе фамилий редко лежит прямое указание на «демона» — скорее, это было прозвище, данное за тяжёлый нрав, упрямство или, наоборот, в качестве охранительного имени. В народной традиции родители могли назвать ребёнка Злога, чтобы отвести от него настоящую «злую» силу: считалось, что такое имя обманет нечисть и ребёнок вырастет добрым. Этот приём — именование с отрицательной коннотацией — хорошо известен ономастам (вспомним фамилии Негодяев, Дураков, Горемыкин).

Морфологически фамилия Злогин стоит в ряду с такими же прозвищными фамилиями, как Злобин, Злыднев, Злотин. Разница в суффиксе: -ин здесь присоединён к основе на -а (Злога), что характерно для имён и прозвищ, оканчивающихся на -а. Если бы основа была Злог (мужской род), мы бы получили Злогов — но в истории закрепился именно вариант с -ин. Это нередкий случай: ср. фамилии Воронин (от Ворона, а не Ворон), Шишкин (от Шишка, а не Шишк).

Географически фамилия Злогин редкая и не имеет ярко выраженного «гнезда» расселения. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках она встречается эпизодически в центральных губерниях России, а также на Урале, куда переселенцы приносили прозвища из метрополии. Встречаются единичные упоминания в Вятской, Пермской и Костромской губерниях. Сословно носители фамилии были в основном крестьянами и мещанами — дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Таким образом, Злогин — это фамилия-прозвище, скорее всего охранительного характера, образованная от диалектного или простонародного слова «злога». Она не связана с каким-либо ремеслом или географическим названием, а целиком описывает человеческое качество или народное поверье.