Фамилия Знамцов — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а понятие из церковной и бытовой сферы. Корень здесь — «знак», «знамение». В старину «знамцем» называли человека, носившего на теле знак, родимое пятно, шрам или татуировку, по которой его можно было опознать. Но чаще слово имело религиозный оттенок: «знамцем» могли прозвать того, кто отличался набожностью, носил на себе ладанку с мощами или был причастен к знамению — чудесному явлению.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Знамцов — буквально «сын Знамца». В отличие от фамилий на -ин, которые образуются от основ на -а/-я (Знамцин), здесь сработала форма притяжательного прилагательного от прозвища на твёрдый согласный. Это говорит о том, что прозвище Знамец бытовало в крестьянской и мещанской среде, где такие модели были особенно распространены в XVI–XVII веках.

Интересно, что фамилия Знамцов почти не встречается за пределами центральной России. Основные очаги — Тверская, Ярославская и Костромская губернии, где старообрядчество было сильно. Возможно, прозвище давали тем, кто держался старых обрядов и носил «знамение» веры — двуперстное сложение или особую икону. Светская версия прозвища могла относиться к человеку с заметной внешней приметой: шрамом на лице, большим родимым пятном или хромотой — такие «знаки» в деревне легко становились фамильным прозвищем.

В написании фамилия устойчива: вариант Знамцев встречается редко и, скорее всего, является результатом описки или диалектного произношения. Сравните с однокоренными Знаменский (дворянская, от названия церкви или села) и Знаменщиков (от должности знаменщика — знаменосца или мастера, ставившего клейма). Знамцов стоит особняком: это фамилия не по должности и не по месту жительства, а по личной примете или духовному качеству предка.