Фамилия Знамин — редкий случай, когда прозвище не связано с профессией или внешностью, а происходит от церковнославянского слова «знамение» (чудо, предзнаменование, знак). В основе лежит не имя и не географическое название, а прямое указание на событие: так могли назвать человека, родившегося в день церковного праздника Знамения Пресвятой Богородицы (27 ноября по старому стилю). В народной речи слово «знамя» долго сохраняло двойное значение — и стяг, и знак, поэтому фамилия Знамин могла возникнуть и от прозвища «Знамёнщик» (знаменосец), но это менее вероятно: суффикс -ин указывает на притяжательность, то есть «сын Знамёны» или «из семьи Знамёны», где «Знамёна» — прозвище человека, связанного с чудом или приметой.

Модель образования проста: суффикс -ин типичен для фамилий от основ на -а/-я (ср. Бородин, Пушкин). Полная форма прозвища — «Знамя» или «Знамёна» — со временем редуцировалась до «Знамин» под влиянием книжного произношения. В дореволюционных метрических книгах встречаются варианты «Знамёнников» и «Знамёнщиков», но Знамин — более архаичная форма, закрепившаяся в основном на севере и в центральной России. Географически фамилия тяготеет к старообрядческим районам: в Костромской, Вологодской и Нижегородской губерниях её фиксировали ещё в XVIII веке.

Интересно, что в отличие от массовых фамилий на -ов, Знамин не имеет «профессионального» двойника с суффиксом -щик (типа Знамёнщиков). Это намекает на то, что прозвище давали не по ремеслу, а по личному качеству или обстоятельству. Возможно, предок носителя фамилии считался «знамённым» — то есть отмеченным божественным знаком, либо был прихожанином храма в честь иконы «Знамение». Ономасты (в частности, Б. Унбегаун в «Русских фамилиях») относят Знамина к группе «календарных» фамилий, образованных от названий церковных праздников, но с оговоркой: прямое отождествление со знаменем как флагом встречается реже, чем кажется.

Сегодня фамилия остаётся малочисленной — в современных телефонных справочниках её носители сосредоточены в Ивановской и Ярославской областях. Встречается и вариант Знамённый, но он уже явно поздний, семинарский.