Фамилия Знудкин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти не изменилось за века. Корень здесь «знуд-», а это не что иное, как диалектное слово «знуда» — надоедливый, нудный человек, тот, кто «знудит» (донимает, пристаёт). В некоторых говорах «знуда» означала ещё и скрягу, но основное значение связано с назойливостью. Фамилия образована по типичной русской модели: к основе добавили суффикс -ин, который указывает на принадлежность: «Знудкин» — буквально «сын Знуды», то есть потомок человека с таким прозвищем.

Суффикс -ин в фамилиях обычно присоединялся к основам на -а/-я (как Пушкин от Пушка, Репин от Репа). Знудкин — не исключение: прозвище Знуда дало Знудкин, а не Знудов, что автоматически указывает на более северное или восточное происхождение фамилии. В южных и западных регионах России чаще использовали суффикс -ов/-ев, поэтому Знудкины, скорее всего, из северных или центральных областей, например, из бывших Новгородских или Вятских земель.

Прозвище Знуда, как и сама фамилия, не было оскорбительным в бытовом смысле — в крестьянской среде прямолинейные прозвища давали без злого умысла, по заметной черте характера. Человек мог быть просто дотошным, требовательным или многословным. В документах фамилия встречается крайне редко: перепись 1897 года по Вологодской губернии фиксирует несколько семей Знудкиных, но в целом это фамилия малочисленная. В современной России она тоже не распространена — в основном в Поволжье и на Урале, куда переселялись крестьяне из центра.

Однокоренных фамилий немного: Знудин, Знудов, Знудников. Все они восходят к тому же корню, но различаются суффиксами. Знудкин — самый «личный» вариант, подчёркивающий прямую связь с прозвищем предка. Никаких дворянских родов или известных исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано — это чисто народная, крестьянская фамилия, которая сохранилась благодаря своей редкости и выразительности.