Фамилия Зубакин — типичный пример русской фамилии, образованной от прозвища с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Зубакин буквально значит «сын Зубаки» или «человек из рода Зубаки». Прозвище Зубака, лёгшее в основу, скорее всего, характеризовало человека по внешнему признаку — крупным, редким, кривым или особенно заметным зубам. В народной среде такое прозвище могли дать не только за физическую особенность, но и за манеру скалиться, зло огрызаться или, напротив, за крепкую хватку в споре. В словаре русских фамилий Б. Унбегауна подобные модели описываются как «прозвища по физическим качествам», и Зубакин встаёт в один ряд с Губакиным, Носакиным или Щекакиным.

Не исключено, что прозвище Зубака было связано и с народными представлениями о зубах как обереге или символе силы — в некоторых говорах «зубакой» называли колдуна или знахаря, который «заговаривал зубы» (в прямом смысле — лечил зубную боль). Однако эта версия менее вероятна: в документах XVII–XVIII веков Зубакины чаще встречаются среди крестьян и посадских людей центральных и северных губерний России, где прозвище закреплялось именно за внешностью.

Фамилия Зубакин — не самая редкая, но и не массовая: она сосредоточена в основном в Поволжье, на Вятке и в костромских землях. Интересно, что однокоренные фамилии — Зубов, Зубарев, Зубихин — образованы по другим моделям (-ов, -ев, -их), что подчёркивает разницу в диалектных традициях именования. Потомок человека с прозвищем Зубака со временем получил фамилию Зубакин, и сегодня она сохраняет память о том, как метко и зорко подмечали особенности предков в русской деревне.