Фамилия Зубакина образована от прозвища Зубака, которое могло указывать на человека с крупными, крепкими или редкими зубами. В народной культуре зубы часто связывали с жизненной силой, здоровьем или, напротив, с агрессивным нравом. Поэтому прозвище мог получить и тот, кто отличался цепкостью, упрямством или острым языком.

Интересно, что основа фамилии — «зуб» — встречается в русских фамилиях реже, чем можно было бы ожидать, и почти всегда несёт прозвищный, а не описательный характер. Суффикс -ак- (Зубак → Зубака) типичен для северных и сибирских говоров, где так образовывали прозвища от черт внешности или поведения: «зубака» — тот, кто «зубаст», то есть напорист или язвителен. В южных и центральных областях предпочли бы форму Зубов или Зубков.

Сама фамилия Зубакина — женская форма от Зубакин. Мужской вариант Зубакин образован по стандартной русской модели «прозвище + суффикс -ин», указывающей на принадлежность: «сын Зубаки». В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне с прозвищем Зубака в архангельских и вологодских землях, что подтверждает северное происхождение фамилии. Позже она распространилась шире, но до сих пор чаще фиксируется в Вологодской, Кировской и Пермской областях — регионах, куда уходили переселенцы с Русского Севера.

Таким образом, фамилия Зубакина сохранила в себе редкую диалектную основу и указывает на предка, который выделялся среди односельчан либо внешностью, либо характером.