Фамилия Зубайдуллаева образована от мужского имени Зубайдулла, которое восходит к арабскому Zubaydullāh. Первая часть — Зубайд — означает «маленький», «небольшой» (уменьшительная форма от Зайд — «прирост», «изобилие»), вторая — Аллах («Бог»). В целом имя переводится как «маленький дар Аллаха» или «небольшой Божий дар». Такие имена с компонентом «улла» (от араб. Аллах) типичны для мусульманской традиции: они выражают религиозное чувство и часто давались в благодарность за рождение ребёнка.

Фамилия построена по русской патронимической модели: к основе Зубайдулла добавлен суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?»), а затем окончание -а, обозначающее женский род. То есть Зубайдуллаева — это дочь или жена человека по имени Зубайдулла. Мужской вариант — Зубайдуллаев. Такая модель характерна для фамилий, возникших у народов Северного Кавказа, Поволжья и Средней Азии, которые в XIX–XX веках входили в состав Российской империи и перенимали русские фамильные суффиксы.

Географически фамилия распространена в Дагестане, Чечне, Татарстане, а также среди узбеков и таджиков. Встречаются варианты написания с одной «л» (Зубайдулаев) или с «а» на конце (Зубайдуллаев), но форма Зубайдуллаева фиксируется в российских загсах чаще всего у носительниц женского пола.

С точки зрения словообразования интересно, что имя Зубайдулла — не арабское классическое, а тюрко-персидское переосмысление: в арабском языке форма «Зубайд» (с уменьшительным оттенком) встречается редко, зато в тюркской среде её охотно использовали как ласковое прозвище для долгожданного ребёнка. Таким образом, предок носительницы фамилии, скорее всего, был человеком, которого в семье называли «маленьким даром» — возможно, поздним или единственным сыном.

Если искать аналоги, то однокоренные фамилии — Зубаиров (от имени Зубаир), Зубайдуллин (с татарским суффиксом -ин) или Зубайдов. Но модель на -ев указывает на более позднюю русификацию, чем, скажем, фамилии на -ин у татар. Это значит, что фамилия Зубайдуллаева могла оформиться уже в советское время, когда паспортизация охватила горские и тюркские народы.