Фамилия Зубайдулин — яркий пример того, как тюркское имя, пройдя через русскую словообразовательную модель, закрепилось в качестве фамилии. Её основа — арабское мужское имя Зубайдулла (варианты: Зубайдуллах, Зубайдалла). Оно составное: «Зубайду» (уменьшительная форма от «Зубда» — «сливки», «лучшая часть») и «Алла» (Бог). Вместе имя означает «лучший из рабов Аллаха» или «избранник Божий». Это теофорное имя, то есть содержащее указание на Бога, распространённое в среде мусульман Поволжья, Приуралья и Средней Азии.

Русский суффикс -ин превратил имя в фамилию по модели «чей?»: Зубайдулин — «сын Зубайдуллы». В русском языке суффикс -ин указывает на принадлежность к лицу мужского пола (ср. Ильин, Пушкин). Аналогично образованы фамилии Зубайдуллин, Зубаиров, Абдуллин, но в случае с Зубайдулиным произошло усечение конечного «а» или «улла» перед суффиксом, что типично для адаптации длинных арабо-тюркских имён.

Географически фамилия тяготеет к регионам с компактным проживанием татар и башкир: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская, Челябинская области. Встречается и у казахов, но в форме Зубайдуллаев или Зубайдуллин. В русских документах XVIII–XIX веков, при переписях и рекрутских наборах, имя Зубайдулла часто записывали на слух, откуда и появилось разночтение: Зубайдулин, Зубайдуллин, Зубайдулов. Форма с одним «л» и окончанием -ин — наиболее русифицированный вариант.

Предки носителя фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами из мусульманских общин. Само имя Зубайдулла не указывает на сословие, но в среде татар-мусульман его давали в честь религиозных авторитетов или просто как благочестивое имя. Судя по суффиксу, фамилия оформилась не раньше середины XIX века, когда массово закреплялись фамилии у нерусских народов Российской империи.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, Зубайдулин стоит в одном ряду с Зубайдуллиным, но отличается более коротким звучанием — результат адаптации к русской фонетике. Встречается реже, чем полный вариант, что делает её более локальной и узнаваемой среди носителей.