Фамилия Забайдуллин — яркий пример тюркской модели образования фамилий, которая закрепилась в русской среде. В её основе лежит арабское имя Забайдулла, что в переводе означает «раб Аллаха» (от «абд» — раб и «Аллах» — Бог). Это имя — один из вариантов популярного Абдулла, но с характерным диалектным изменением: начальное «абд» превратилось в «забай» под влиянием местных говоров татарского или башкирского языка. Такая трансформация встречается в фамилиях Забайдуллин, Забайдулин и родственных им.

Суффикс «-ин» в данном случае — не столько показатель русской принадлежности, сколько адаптация к русской грамматике. В тюркских языках фамилии образуются через окончание «-ов/-ев» или «-ин», но Забайдуллин, скорее всего, закрепился именно с «-ин», так как основа имени заканчивается на согласный «л», что по правилам русской морфологии даёт суффикс «-ин» (сравните: Ильин, Фомин). Фамилия не прозвищная, а патронимическая: она прямо указывает на отца — Забайдуллу.

География фамилии сосредоточена в Поволжье и на Урале: в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях. Это зона расселения татар и башкир, где арабские имена через исламскую традицию стали основой для множества фамилий. В отличие от более распространённых Абдуллин или Абдуллов, форма Забайдуллин встречается реже, что говорит о её локальном бытовании — возможно, в конкретном селе или роде, где имя Забайдулла передавалось из поколения в поколение.

Сословно предки носителя фамилии могли быть крестьянами или мещанами, так как тюркские фамилии в Российской империи часто закреплялись за непривилегированными слоями после реформы 1880-х годов. Однако не исключено, что некоторые Забайдуллины происходили из духовенства — мулл или учителей при мечети, ведь имя «раб Аллаха» традиционно давали людям, связанным с религией.

Спорных версий о происхождении фамилии практически нет: корень ясен, а альтернативные объяснения (например, связь с русским словом «забайка» или «байда») лингвистически несостоятельны, так как не объясняют ни суффикс «-улла», ни тюркскую огласовку. Единственная вариация — написание через одно «л» (Забайдулин), что встречается в документах, но это чисто орфографическая описка, не меняющая смысла.