Фамилия Зуббенко звучит на украинский лад, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Формант -енко — один из самых распространённых в украинской ономастике, он указывает на происхождение по отцу: буквально «маленький», «сын такого-то». Если основа прозвища была «Зуб», то Зуббенко — это «сын Зуба». Однако двойная буква «б» в корне — редкая деталь, которая заставляет присмотреться внимательнее.

В украинских фамилиях на -енко удвоение согласных встречается нечасто. Чаще всего оно возникает в двух случаях: либо при стечении корня и суффикса (например, если бы основа оканчивалась на -б, а суффикс начинался с б-), либо как диалектное или письменное искажение. В случае с Зуббенко логичнее предположить, что исходное прозвище было не «Зуб», а Зубб или Зубба. Такое прозвище могло звучать грубовато: на южнорусских и украинских говорах «зубба» или «зуб» с усилением — человек с крупными, торчащими зубами, либо задира, «скалозуб». Удвоение здесь могло подчёркивать экспрессивность прозвища, как в фамилиях Губбенко, Лоббенко.

По географии фамилия тяготеет к восточной Украине и югу России. В реестрах казацкой старшины или мещанства XVIII–XIX веков подобные фамилии нередко фиксировались в Полтавской, Харьковской и Екатеринославской губерниях. Сословно носители Зуббенко, скорее всего, относились к казакам или крестьянам: фамилии на -енко в массе своей — патронимы простых людей, а не дворян. Дворянские ветви с таким окончанием редки и обычно имеют польское происхождение (через -енко в шляхте), но для Зуббенко это маловероятно.

Есть и альтернативная, более прозаичная версия: фамилия могла возникнуть как результат ошибки писаря или диалектного произношения от более частой формы Зубенко. В таком случае двойное «б» — просто графический дублет, не меняющий смысла. Однако если опираться на реальные записи, вариант с удвоением устойчив и встречается в современных базах данных, что говорит о его самостоятельном бытовании. Однокоренные фамилии — Зуб, Зубов, Зубко, Зубец — все восходят к той же метафоре: зуб как символ силы, агрессии или внешней особенности. Зуббенко — одна из самых «усиленных» форм этого ряда.