Фамилия Зулпуев почти наверняка несёт в себе тюркское наследие, и её корни уходят в Среднюю Азию или Поволжье. В основе лежит личное имя Зулпу, которое представляет собой вариант имени Зульпукар (араб. Зу-ль-факар — «обладающий позвонками», так звали легендарный меч халифа Али). В тюркской среде имя не раз переиначивали на свой лад, отсекая концовку: Зулпу, Зулпа, Зулпук. Суффикс -ев указывает на русскую модель образования фамилий от отчества: «сын Зулпуя» или «из рода Зулпу». Такие фамилии обычно получали оседлые народы, попавшие в орбиту Российской империи, — киргизы, башкиры, татары или казахи, чьи имена фиксировали в документах на русский манер.

Если присмотреться к словообразованию, то фамилия стоит в ряду редких: она не на -ов (как Зулпупов, если бы основа звучала как Зулпуп), а на -ев. Это значит, что исходное имя заканчивалось на мягкий согласный или гласный (Зулпуй, Зулпей). В тюркских языках конечный -й часто передаёт уменьшительно-ласкательный оттенок, так что Зулпуй могло быть домашним прозвищем человека, носившего полное имя Зульпукар. Географически фамилия встречается в основном в Киргизии и среди киргизской диаспоры — это подтверждается данными современных телефонных справочников и соцсетей.

Вторая, менее вероятная версия выводит основу из тюркского глагола «зулпу» — «стричь, обрезать» (в некоторых диалектах). В этом случае прозвище Зулпу мог получить стригаль овец или человек с короткой стрижкой. Но против этого говорит распространённость арабского имени в регионе: имя Зульпукар и его производные встречаются в десятки раз чаще, чем подобный глагол. Поэтому первая версия — от личного имени — выглядит намного убедительнее.

Сословно предки Зулпуевых, скорее всего, были простыми крестьянами-скотоводами или ремесленниками, поскольку фамилия не несёт признаков дворянского или княжеского происхождения (нет суффикса -ский, нет приставок). Фамилия закрепилась в XIX — начале XX века, когда царская администрация массово присваивала русские патронимы кочевникам. Искать её в старых боярских книгах бесполезно — это поздняя, народная фамилия, и её ценность именно в том, что она хранит память о конкретном человеке по имени Зулпу, жившем, возможно, в аиле или ауле.