Фамилия Зыкеева — это отчество второго порядка, образованное от прозвища или имени Зыкей с помощью патронимического суффикса -ев. Зыкей — это человек, который «зыкает». Глагол «зыкать» в русских говорах многозначен: кричать, звать, вопить, рыдать, издавать протяжный звук или крикливо петь. Скорее всего, прозвище Зыкей получил громкоголосый, шумный человек. Не исключён и профессиональный оттенок: предок Зыкеевых мог быть певцом — такие именования давали по роду занятий.

Есть и другая версия: Зыкей — это не прозвище, а языческое охранительное имя, которым родители нарекали капризного, плаксивого ребёнка. В древнерусской традиции имя, отражавшее нежелательное качество, должно было отвести от ребёнка злых духов.

В «Ономастиконе» С. Веселовского встречаются однокоренные прозвища и фамилии: слуга митрополита Зык Обобуров (XV век), Зык Васильев Кутузов (1545 год), помещик Зык Моисеев (1539 год), крестьянин Артемий Зыкун (конец XV века), новгородский крестьянин Зычко (1551 год). Эти записи показывают, что основа «зык-» была распространена в разных социальных слоях. Форма Зыкей могла возникнуть как уменьшительная или пренебрежительная — с суффиксом -ей, характерным для личных имён и прозвищ в северных и центральных говорах. Фамилия Зыкеева закрепилась, когда потомка человека по прозвищу Зыкей стали называть Зыкеевым сыном, а затем и просто Зыкеевым.