Фамилия Зыкун — редкий пример, где суффикс -ун играет главную роль. В русской ономастике этот суффикс обычно указывает на носителя действия или качества: бегун, крикун, молчун. Зыкун, скорее всего, прозвище человека с громким, зычным голосом. Основа «зык-» напрямую связана с древнерусским «зыкъ» — звук, шум, гул, откуда пошло и современное «зычный» (громкий, звонкий). То есть Зыкун — это «тот, кто издаёт зык», крикун, горлопан, либо, наоборот, глашатай или певчий, чей голос был слышен издалека.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий, но суффикс -ун встречается реже, чем -ов или -ин. Такие фамилии чаще закреплялись в южнорусских и украинских говорах, где прозвища на -ун были особенно ходовыми: Гризун, Плясун, Свистун. Зыкун могло возникнуть и как мирское имя — дохристианские имена по внешним или поведенческим признакам (например, Гром, Шум) давали детям для защиты от злых сил. В этом случае Зыкун — не просто прозвище, а личное имя, которое потом перешло в фамилию.

В письменных источниках фамилия почти не встречается, что говорит о её локальном бытовании. Вероятно, она сформировалась в крестьянской среде, где прозвища давали по яркой черте — здесь по голосу. Никаких данных о дворянском происхождении или массовом распространении нет: Зыкун — редкая фамилия, и её носители, скорее всего, сосредоточены на юге России или в Украине.

Интересно, что однокоренные фамилии — Зыков и Зыкин — гораздо популярнее. Зыков тоже восходит к «зык», но образован по стандартной патронимической модели (чей? — Зыков). Зыкун же сохранил исходную прозвищную форму без суффикса принадлежности, что делает его более архаичным и прямым свидетельством того, как человека называли в быту.