Фамилия Зюбин — одна из тех, где за простым звучанием скрывается несколько возможных историй. Она образована по стандартной русской модели: к основе прозвища Зюба добавили притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Зюбин, то есть сын или потомок Зюбы). Это типичный способ формирования фамилий в XVI–XVII веках, особенно в центральной и северной Руси.

Корень фамилии допускает два основных толкования, и оба связаны с украинским языком. Первая версия отсылает к глаголу «дзюбати» — «клевать» или «копать». Отсюда прозвище Зюба мог получить либо человек, работающий заступом (копач), либо тот, кто любил «клевать носом» или кого-то задирать (насмешник). Есть и бытовой оттенок: «дзюбати» иногда говорили о человеке, который ест очень мало, «клюёт» еду по чуть-чуть.

Вторая версия выводит прозвище от слова «дзюба» — так в украинских говорах называли девушку или женщину со следами оспы на лице. В этом случае прозвище Зюба могло быть описательным — по внешней примете. Со временем оно закрепилось за родом и передалось потомкам уже как фамилия, утратив изначальный смысл.

С точки зрения словообразования фамилия Зюбин стоит в одном ряду с такими же прозвищными фамилиями, как Рябин (от рябой), Косин (от косой) или Губин (от губа). Суффикс -ин здесь указывает на конкретного человека, а не на целый род, что характерно для фамилий, возникших в крестьянской и посадской среде.

Точную географию возникновения фамилии установить сложно — процесс закрепления прозвищ в фамилии шёл неравномерно. Однако суффикс -ин и украинская основа подсказывают, что искать корни Зюбиных стоит в южнорусских или западнорусских землях, где были сильны контакты с украинскими говорами. Встречается фамилия и в современных списках, но массово распространённой её назвать нельзя — это скорее редкий, но устойчивый антропоним.