Фамилия Зюбенко — характерный пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVI–XVIII веках распространилась по всей территории современной Украины. Суффикс -енко означал «маленький» или «сын», поэтому Зюбенко буквально понималось как «сын Зюбы» или «потомок Зюбы». Географически фамилия чаще всего встречается в центральных и восточных областях Украины, что подтверждает её происхождение из народной прозвищной среды.

Основа фамилии — прозвище Зюба, которое восходит к украинскому глаголу «дзюбати». У этого слова два значения: «копать» и «клевать». В первом случае прозвище могли дать крестьянину-земледельцу, который перебрался в город, — он «копал» землю. Во втором — человеку, который ест медленно или мало, будто клюёт. Впрочем, есть и другая версия: слово «дзюба» на Украине означало «человек с оспинами на лице». Так могли назвать мальчика, перенёсшего оспу, — следы болезни оставались заметны на всю жизнь.

Согласная «д» в начале прозвища со временем выпала: «дзюба» превратилась в «зюба». Это типичный для украинской фонетики процесс упрощения звонкого аффриката, который нередко встречается в народной речи. Поэтому в фамилии мы видим корень Зюб-, а не Дзюб-.

Не исключено, что Зюба могло быть не прозвищем, а мирским именем с охранительной функцией. В древности родители намеренно давали детям «некрасивые» имена, чтобы отвести от них злые силы. Надеясь вырастить красивого и здорового мальчика, его называли Зюбой (рябым, щербатым) — как бы «обманывая» нечистую силу. Со временем это имя закрепилось за родом и легло в основу фамилии.

Таким образом, у фамилии Зюбенко три равноправные версии происхождения: профессиональная (земледелец или малоежка), описательная (рябой человек) и охранительная (имя-оберег). Все они сходятся на украинских корнях и бытовом контексте, без связи с дворянством или знатным родом.