Фамилия Зюкалина — женская форма фамилии Зюкалин, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем Зюкала. В основе фамилии лежит суффикс -ин, типичный для русских фамилий, образованных от слов, оканчивающихся на -а или -я. Такой суффикс указывает на принадлежность: «чей сын?» — Зюкалин, то есть сын Зюкалы.

Само слово «зюкала» — редкое, диалектное. В говорах северных и центральных областей России (например, в вятских, пермских, костромских) «зюкать» означало «пищать», «издавать тонкий звук», «жужжать», а также «говорить невнятно, бормотать» или «плакать по-детски». Прозвище Зюкала могли дать человеку с тонким, писклявым голосом, либо тому, кто постоянно ныл или говорил неразборчиво. В ономастике это пример так называемых «физиологических» прозвищ, которые описывали характерную черту поведения или речи.

Другая, менее вероятная версия связывает фамилию с топонимом: существуют деревни Зюкалино (например, в Кировской и Вологодской областях). В таком случае фамилия могла возникнуть, когда человека называли по месту жительства — «зюкалинский», «из Зюкалина». Но эта гипотеза упирается в то, что сам топоним, скорее всего, произошёл от того же прозвища Зюкала, то есть фамилия и название деревни имеют общий корень, а не одна произошла от другой.

В исторических документах фамилия встречается редко. По данным переписей XIX века, Зюкалины были преимущественно государственными крестьянами на севере Вятской губернии (современная Кировская область) и в Пермском крае. Это согласуется с ареалом диалектного слова «зюкать». Фамилия не дворянская и не купеческая — её носители, скорее всего, были землепашцами или ремесленниками, а прозвище Зюкала закрепилось за родоначальником ещё в допетровскую эпоху.