Фамилия Зюкаева — вариант женского рода от Зюкаев, образованный по стандартной русской модели с суффиксом -ев. Основа здесь — прозвище или некалендарное имя Зюкай. Само слово «зюкать» в русских говорах, особенно в вятских и пермских, означает «говорить невнятно, бормотать, издавать негромкие звуки». Человека с тихой, неразборчивой речью или привычкой ворчать себе под нос могли прозвать Зюкаем. От этого прозвища и пошла фамилия: Зюкай → сын Зюкаев → Зюкаева (о жене или дочери).

Менее вероятная, но возможная версия связывает основу с диалектным словом «зюка» — так в некоторых областях называли зяблика или другую мелкую птицу. В этом случае прозвище могло закрепиться за невысоким, юрким человеком или за тем, кто хорошо свистел, подражая птичьему голосу. Однако первая версия — от глагола со значением речи — встречается в ономастике чаще, поскольку прозвища по манере говорить давали повсеместно.

Географически фамилия Зюкаевы тяготеет к северо-востоку европейской части России. В переписных книгах XVII–XVIII веков носители этой фамилии встречаются в Соликамском и Чердынском уездах Пермской губернии, а также в Вятском крае. Это зона, где диалектное слово «зюкать» было в ходу, что подтверждает первую версию происхождения.

Суффикс -ев, а не -ов, указывает на основу, оканчивающуюся на мягкий или шипящий согласный. В данном случае конечный «ай» перешёл в «аев» по фонетическим правилам. Такая модель характерна для фамилий, возникших в XVI–XVII веках, когда активно шло закрепление прозвищ за родами. Сословно Зюкаевы, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми — никаких следов дворянского происхождения или принадлежности к высшим слоям в доступных источниках не обнаруживается.