Фамилия Зюнов, скорее всего, произошла от прозвища Зюня. В основе лежит диалектный украинский глагол «зюять» — «зиять», то есть «быть раскрытым, обнаруживая глубину, провал, наподобие раскрытой пасти», а также «зевать». Так могли прозвать человека, чей дом стоял у оврага или ямы. Но есть и другая, бытовая версия: Зюней называли того, кто зевал, широко раскрывая рот, либо невнимательного или чересчур любопытного человека.

Модель образования проста и типична для русских фамилий: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — Зюнов, то есть сын или потомок Зюни). Это одна из самых частых моделей, особенно в центральной России и Поволжье.

Интересно, что прозвище Зюня могло быть не только «географическим» или поведенческим. В некоторых говорах «зюня» — это плакса, нюня. Если принять эту версию, фамилия приобретает другой оттенок: предок мог получить прозвище за слезливость или обидчивость. Однако связь с «зиять» выглядит более убедительной, так как глагол «зюять» фиксируется в украинских диалектах, а фамилия Зюнов встречается в южнорусских регионах, где эти говоры оказывали влияние.

Встречается также вариант написания Зюннов (с двумя «н»), но он редок и, скорее всего, является поздней канцелярской ошибкой. Основная форма — Зюнов — закрепилась за потомками человека по прозвищу Зюня.