Фамилия Зюзякина — женская форма фамилии Зюзякин. Мужской вариант образован по типичной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей сын?» — Зюзякин, то есть сын Зюзяки. Основа здесь — прозвище или нецерковное имя Зюзяка (или Зюзя).

Самый вероятный корень — диалектное слово «зюзя». В русских говорах так называли человека, который промок до нитки, вымок под дождём, или же неряху, чумазого. В псковских и тверских говорах «зюзя» — это ещё и свинья (возможно, по той же ассоциации с грязью). Отсюда прозвище Зюзя мог получить либо неопрятный человек, либо тот, кто часто ходил мокрым (например, рыбак или лодочник). Форма Зюзяка — это экспрессивный вариант того же корня с суффиксом -ак-, который в русских фамилиях часто усиливал пренебрежительный или уменьшительный оттенок (сравните: простак, дурак, но и свояк).

Менее вероятная, но возможная версия — связь с глаголом «зюзюкать» (сюсюкать, говорить невнятно). Тогда прозвище Зюзяка мог получить картавый или шепелявый человек. Однако в ономастике предпочтение обычно отдают более конкретным бытовым прозвищам, так что версия с «мокрым» или «чумазым» выглядит убедительнее.

Суффикс -ин чётко указывает на географию происхождения: такие фамилии (в отличие от -ов/-ев) чаще встречаются в северных и северо-восточных регионах России, а также в Поволжье. Фамилия Зюзякин — редкая, её нет в массовых списках дворянских или купеческих родов. Скорее всего, предки носителя фамилии были крестьянами или посадскими людьми, а прозвище закрепилось за одним человеком и перешло к его потомкам без изменений. Сословные перегородки здесь не играли роли — фамилия могла возникнуть в любой среде, где было в ходу местное слово «зюзя».