Фамилия Абаимов — редкий пример, где тюркская и арабская основы спорят друг с другом, а единого мнения у исследователей нет. Главная версия: в основе лежит прозвище Абаим, которое, скорее всего, сложилось из двух турецких слов: aba — «войлок» и im — «знак, сигнал». Если это так, то прозвище мог получить человек, связанный с изготовлением, продажей или маркировкой войлока — ремесло в степи уважаемое и заметное. Суффикс -ов в фамилии указывает на русскую модель образования: «чей?» — Абаимов, то есть сын или потомок Абаима.

Другая линия ведёт к арабскому имени Абай, которое у казахов и киргизов означает «внимательный, осмотрительный». В этом случае фамилия отражает не занятие, а черту характера предка. Обе версии не исключают друг друга: тюркское прозвище могло со временем слиться с мусульманским именем, а потом оформиться в фамилию уже на русской почве. Важно, что в любом из вариантов корень связан с тюркской или арабо-тюркской средой — Поволжье, Приуралье или южнорусские степи. Географически фамилия Абаимов встречается редко, что говорит о локальном происхождении: скорее всего, род берёт начало в одном из татарских или башкирских селений, где позже закрепилась русская фамильная форма.