Фамилия Абдурафеев — один из примеров того, как арабское имя через тюркское посредничество укоренилось в русской антропонимии. Её основа — составное мужское имя Абдурафе (или Абдурахим, Абдурафи), где первая часть «абд» означает «раб», а вторая — один из эпитетов Аллаха. В данном случае «ар-Рафи» — «Возвышающий», «Всевышний». Таким образом, имя Абдурафе переводится как «раб Возвышающего», что типично для мусульманской традиции теофорных имён (содержащих указание на Бога).

Словообразовательная модель проста: к основе на гласный (Абдурафе) добавляется русский патронимический суффикс -ев, указывающий на происхождение по отцу. Фамилия Абдурафеев буквально значит «сын Абдурафе». Суффикс -ев, а не -ов, выбран по фонетическому правилу: после мягких согласных и гласных (в данном случае конечного «е») пишется -ев.

География фамилии тяготеет к регионам, где традиционно распространён ислам суннитского толка и тюркские языки: это Татарстан, Башкортостан, регионы Северного Кавказа (особенно Дагестан, Чечня, Ингушетия) и Средняя Азия. В русских документах фамилия могла фиксироваться с вариантами написания — Абдурафиев, Абдурахимов, но Абдурафеев — наиболее устоявшаяся форма, образованная от имени с огласовкой «е» в конце.

Интересная деталь: в отличие от более частых фамилий на -ов, здесь редко встречается вариант с «твердым» суффиксом -ов (Абдурафеов) — это указывает на то, что имя осознавалось носителями как заканчивающееся на гласный, а не на твёрдый согласный. Социально фамилия не несёт сословной окраски: её могли получить и крестьяне, и горожане, и духовные лица, так как имя Абдурафе было распространено во всех слоях мусульманского общества.

Если искать однокоренные параллели, то ближайшие — Абдурахимов (от имени Абдурахим) и Абдурашидов (от Абдурашид). Все они построены по одной схеме, но различаются вторым компонентом — именем одного из 99 атрибутов Бога в исламе.