Фамилия Абиркин — редкий пример, когда корень слова почти наверняка не русский, а тюркский. В отличие от большинства фамилий на -ин, образованных от имён или прозвищ на -а/-я (Иван → Иванов, Кузьма → Кузьмин), основа «Абирк» не встречается в славянских именословах. Это сразу указывает на то, что фамилию дали не по отцу, а по прозвищу, которое, скорее всего, имело тюркское происхождение.

Наиболее вероятная версия — от тюркского мужского имени Абир (или Абыр). В некоторых диалектах «абыр» означало «старший», «уважаемый», «почтенный», а также могло быть формой арабского имени Абир («аромат», «благоухание»). Суффикс -к- в основе «Абирк» — это уменьшительная или обиходная форма в тюркской среде (как в русском Сашка, Ванька). Получается цепочка: Абир → Абирка (обиходное) → Абиркин (русский патронимический суффикс -ин, означающий «чей?»). То есть Абиркин — это «сын Абирки», а Абирка — ласковое или бытовое прозвище носителя тюркского имени.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где издавна соседствовали русские и тюркские народы: Поволжье, южный Урал, Западная Сибирь. Встречается она крайне редко, что подтверждает её локальный характер. Скорее всего, предок носителя фамилии был крещёным татарином, башкиром или чувашом, получившим русскую фамилию по прозвищу от своего имени. В документах XVII–XVIII веков, когда шла массовая христианизация народов Поволжья, такие фамилии фиксировали в переписных книгах именно в форме «Абиркин», «Абыркин» или «Аберкин».

Другие версии, например связь с диалектным русским глаголом «абирить» (неуверенно, неясно говорить) или с названием реки Абирка, маловероятны из-за отсутствия надёжных источников. Тюркское происхождение остаётся основным и наиболее логичным.