Фамилия Абсеев — редкий случай в русском ономастиконе. Её происхождение не лежит на поверхности, но при ближайшем рассмотрении открывается через тюркские языки. В основе лежит личное имя Абсей (варианты: Апсей, Апсай), которое, скорее всего, восходит к арабскому «Аббас» (عباس) — «хмурый», «суровый», либо к составному имени с компонентом «Абд» (раб) и «Сей» (сокращение от Сейид — господин). В тюркской среде такие имена давали для защиты от сглаза или в честь уважаемого предка.

Фамилия образована по русской модели: к основе «Абсей» присоединён суффикс -ев, указывающий на принадлежность («сын Абсея», «потомок Абсея»). Ударение, скорее всего, падает на первый слог. В ней нет привычного для русских фамилий суффикса -ов, так как основа заканчивается на мягкий согласный.

Самая правдоподобная версия — фамилия возникла у крещёных татар, башкир или других тюркских народов Поволжья и Приуралья. После принятия православия они получали русские по форме фамилии на -ев. Географически Абсеевы тяготеют к Татарстану, Башкортостану, Оренбургской и Челябинской областям. Сословно предки могли быть государственными крестьянами, ясачными людьми или служилыми татарами, которые несли сторожевую службу на южных и восточных рубежах России.

Менее распространённая версия — связь с арабским словом «абс» (عبس) — «морщить лоб», «быть мрачным». Прозвище Абсей могли дать человеку с суровым выражением лица. Но в русской традиции прямые заимствования из арабского без посредничества тюркских языков встречаются редко, поэтому основная гипотеза — именно тюркская.

В написании фамилии возможна путаница: иногда её записывали как Абсеев, иногда как Обсеев (под влиянием акающего произношения). Корень остаётся тем же — личное имя Абсей, которое со временем стало фамилией. Носители фамилии, скорее всего, связаны общим предком, жившим не позднее XVII–XVIII века.