Фамилия Абуховский — это прежде всего фонетический вариант более распространённой фамилии Обуховский. Смена начального «О» на «А» в русских фамилиях — явление нередкое, особенно в говорах с аканьем или при упрощении произношения. Корень здесь один — прозвище Обух, то есть тупая часть топора, противоположная лезвию. Но за бытовым значением стоит и переносный смысл: обухом на Руси называли человека своевольного, упрямого, непослушного. Скорее всего, прозвище отражало именно черту характера предка — тяжёлый нрав, неуступчивость.

Впрочем, есть и вторая версия, не менее правдоподобная. В древнерусской традиции имя могли дать и по предмету быта — такие имена, как Топор, Лопата или Горшок, были в ходу. Имя Обух стоит в том же ряду. Из письменных источников известен Михаил Обух (середина XV века), его сын Василий Михайлович Обухов, судья великого князя (третья четверть XV века), а также Лука Обухов, крестьянин из-под Углича (вторая половина XVI века). Эти записи показывают, что имя-прозвище бытовало в разных сословиях, а значит, фамилия Абуховский могла возникнуть как в дворянской, так и в крестьянской среде.

Суффикс -ский типичен для польской, украинской и западнорусской традиции образования фамилий. Он часто указывал на принадлежность к местности или роду, но в случае с Абуховским, скорее всего, просто оформлял прозвище в фамилию по модели «Обух → Обуховский → Абуховский». Встречаемость фамилии невысока, что говорит о её локальном происхождении — возможно, в одной из западных или южных губерний Российской империи, где аканье было нормой.