Фамилия Афагасьев — редкий и неочевидный случай. На первый взгляд она похожа на искажённое «Афанасьев» (от крестильного имени Афанасий), но это не так. Если бы перед нами был вариант Афанасьева, в основе лежало бы греческое «афанатос» — бессмертный. Однако здесь другая буквенная конструкция, и объяснение лежит в области диалектного произношения и народной этимологии.

Скорее всего, Афагасьев — это фонетический вариант фамилии Абакумов или Абакусьев. В русских говорах, особенно на севере и в Поволжье, звук «г» часто вставляли между гласными для удобства произношения (явление эпентезы). Имя Аввакум (от древнееврейского «обнимающий») в просторечии звучало как Абакум, а уменьшительная форма — Абакусь, Абагась. Отсюда и «Афагась» с заменой начального «Аб» на «Аф» под влиянием акающего произношения: Абагась → Афагась.

Суффикс -ев указывает на притяжательное значение: «сын Афагася» или «из семьи Афагася». Модель образования типична для русских фамилий второй половины XVI–XVII веков, когда отчество в форме прилагательного закреплялось за потомками. В отличие от фамилий на -ов (от основ на твёрдый согласный), здесь основа мягкая, что и дало суффикс -ев.

Географически фамилия привязана к регионам, где было сильно цоканье и смешение «ц» и «с» — например, к бывшим новгородским землям или Вологодчине. В писцовых книгах XVII века встречаются крестьяне Абагасовы, а в переписях XIX века на севере Костромской губернии фиксировались единичные Афагасьевы. Сословно это почти наверняка крестьяне или посадские люди: фамилия не попала в дворянские родословные книги.

Есть и менее вероятная версия — связь с тюркским именем Афгас (от арабского «афгас» — «защитник»), но она не подтверждается массовостью фамилии среди татар или башкир. Для русского уха такое имя нехарактерно, и правдоподобнее объяснение через народную переделку канонического имени Аввакум.