Фамилия Афанфсов — редкий случай, где написание почти полностью скрывает происхождение. На первый взгляд, перед нами типичная патронимическая модель на -ов: «чей?» — Афанфсов, то есть сын Афанфса. Но такого имени в русских святцах нет, и вряд ли оно существовало в быту. Ключ к разгадке — в возможной описке или диалектном произношении.

Скорее всего, перед нами искажённая форма фамилии Афанасьев или Афонасьев. В русских говорах, особенно северных и южных, имя Афанасий произносили как «Афанас» или «Офанас». От него образовали стандартное отчество — «Афанасов». А дальше сработал фактор неграмотности или плохого почерка: при переписи населения или в церковной книге букву «а» могли прочитать как «ф», а «с» — как «фс». Так «Афанасов» превратилось в «Афанфсов». Подобные метаморфозы нередки: фамилии с двойными и тройными согласными часто возникали из-за ошибок писаря, который записывал на слух или перерисовывал неразборчивый текст.

Менее вероятная, но всё же возможная версия — связь с прозвищем «Афаня» или «Фаня», уменьшительным от того же Афанасия. В этом случае фамилия могла звучать как «Афанин» или «Фанин», но при записи суффикс -ин заменили на -ов, а корень исказили. Однако вариант с Афанасьевым выглядит убедительнее, потому что объясняет необычное стечение «фс» в середине.

Географически фамилия Афанфсов встречается крайне редко, в основном в центральных и северных областях России, где в XIX веке была высока доля неграмотного населения и фамилии часто фиксировали «на слух». Носители этой фамилии, скорее всего, потомки крестьян или мещан, чьи предки носили имя Афанасий. Никакого особого сословного статуса или редкого ремесла за ней не стоит — это чисто канцелярский курьёз, превративший обычную отчество в головоломку для этимолога.