Фамилия Афендульева выделяется даже среди редких русских фамилий: её основа не славянская, а, скорее всего, греческая, и связана она не с именем или ремеслом, а с местом происхождения. Если отбросить женское окончание -а, получится мужская форма — Афендульев. Суффикс -ев здесь работает по стандартной модели «чей?»: сын или потомок человека по прозвищу Афендуль. Окончание -ева, а не -ова, подсказывает, что основа заканчивалась на мягкий согласный или на -ль — это частая черта южнорусских и украинских фамилий, где славянские и греческие традиции переплетались особенно тесно.

Самая правдоподобная версия выводит прозвище Афендуль из греческих диалектов: «афендуль» или «афендулис» — так называли выходца из Афин или жителя Аттики. В России фамилия могла появиться через греческих купцов или духовенство, которые селились на юге, в Приазовье и Крыму. В таком случае Афендуль — не имя, а прозвище по месту происхождения: «афинянин». Встречается и вариант написания через «о» — Афондульев, что ещё сильнее сближает основу с названием горы Афон или с тем же греческим корнем.

Менее убедительная гипотеза смешивает тюркское «афенди» (господин, уважаемый человек) с греческим суффиксом -уль. Такая сборная конструкция маловероятна для русской фамильной модели: заимствования обычно входили цельным словом, а не склеивались из кусков. К тому же форма «Афендуль» зафиксирована именно в греческой среде, а не в тюркской.

Кем были первые носители? Скорее всего, выходцами из греческих общин — купцами или церковнослужителями. Но не стоит исключать и крестьянскую среду: прозвище могло закрепиться за человеком, который побывал в Греции, или за тем, кого за характерную внешность прозвали «греком». Социальный потолок здесь невысок, но и не однозначен — фамилия редкая, и точных документальных следов её ранней истории почти не сохранилось.