Фамилия Афендин — редкий пример того, как восточное обращение стало русской фамилией, причём с характерным «русским» суффиксом. В основе лежит тюркское слово «афенди» (или «эфенди»), которое в Османской империи и других мусульманских странах использовали как вежливое обращение к уважаемому человеку, господину, учителю или чиновнику. Само слово восходит к позднегреческому aphéntes, а от него — к древнегреческому authéntes, что значит «повелитель, господин». Так что, по сути, прозвище Афенди давали человеку заметному, возможно, из высшего сословия или просто тому, кого все почитали.

Фамилия Афендин — это адаптированный русскими вариант исходной формы Афенди. В русском языке иноязычные прозвища на -и, -о, -е часто обрастали суффиксом -ин, чтобы вписаться в привычную модель притяжательных прилагательных: мол, чей? — Афендин, то есть потомок того самого Афенди. Без этого суффикса фамилия звучала бы как Афенди и не склонялась бы, а с -ин она органично вошла в ряд фамилий вроде Грозин, Чудин или Кузьмин.

По суффиксу и географии бытования фамилия Афендин тяготеет к южным регионам России и Северному Кавказу, где исторически было сильное тюркское и мусульманское влияние. Встречается она нечасто, что неудивительно: прозвища-обращения редко становились фамилиями, а если и становились, то в среде, где такие обращения были повседневными.

Других версий происхождения, кроме как от тюркского «эфенди», у этой фамилии нет — слишком прозрачна основа. Спорить тут не о чем: греческий корень и тюркское посредничество хорошо известны ономастам, а русский суффикс -ин довершает картину. Так что предки носителей фамилии Афендин, скорее всего, жили в среде, где уважительное «афенди» было в ходу, а сама фамилия закрепилась за кем-то, кого так называли окружающие.