Фамилия Афендин имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркского прозвища Афенди. Фамилия Афендин, вероятно, представляет собой вариант фамилии Афенди, адаптированной русскими. В свою очередь фамилия Афенди образована от аналогичного тюркского прозвища. В некоторых мусульманских странах слово «афенди» (или «эфенди») употребляется как форма обращения к уважаемому человеку. Считается, что само слово «афенди» пришло из позднегреческого aphéntes (или древнегреческого authéntes) — «повелитель, господин». Таким образом, можно предположить, что основатель рода Афендиных был человеком из высшего сословия или всеми уважаемым господином.