Фамилия Афёнов ставит перед исследователем несколько загадок, хотя на первый взгляд и похожа на типичную русскую фамилию с суффиксом -ов. Самая прямая и правдоподобная версия отсылает нас к социальной группе бродячих торговцев — офеням (в южнорусских и украинских говорах — «афёна» или «офёна»). Офени, или коробейники, ходили по деревням с мелочным товаром и имели свой тайный язык — феню. Прозвище Афёна мог получить либо сам торговец, либо человек, который подражал их речи или был неразборчив в словах. От этого прозвища и образовалась фамилия по модели «чей?» — Афёнов, то есть «сын Афёны». Это типичная «прозвищная» фамилия, возникшая в крестьянской или мещанской среде, где род занятий часто становился основой для фамильного имени.

Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с крестильным именем Афанасий (от греческого «бессмертный»). В народе его сокращали до Афоня, Афёня. Если писарь в документе записал Афёнов вместо привычного Афонин или Афанасьев, форма могла закрепиться. Однако суффикс -ов указывает на притяжательность («чей-то сын»), а не на уменьшительность, что делает эту гипотезу спорной.

В написании фамилии ключевую роль играет буква «ё» с ударением на второй слог — Афёнов. Именно она сохраняет звуковой облик исходного прозвища и связь с «офеней». Если бы фамилия писалась через «е» (Афенов), эта нить потерялась бы. В современной России фамилия встречается редко, в основном в центральных областях и Поволжье, и не имеет «дворянского» звучания — её нет в родословных книгах.