Фамилия Афентьев в своей основе, скорее всего, связана с торговлей. Самая убедительная версия возводит её к прозвищу Афеня (или Офеня) — так на Руси называли коробейников, мелких разъездных торговцев. Эти люди ходили по малым городам, сёлам и деревням, предлагая книги, бумагу, шёлк, иглы, сыр, колбасу, серьги и колёчки. У офеней даже существовал свой собственный тайный язык — «феня», который позволял им общаться между собой, не опасаясь, что их поймут чужие. Фамилия, образованная от этого прозвища по модели «Афеня + суффикс -ев», означает «сын Афени» или «потомок коробейника».

Существует и другая, менее правдоподобная версия. Согласно ей, фамилия восходит к крестильному имени Афиноген, что в переводе с греческого означает «потомок богини Афины». В этом случае основой для фамилии послужила просторечная форма этого имени — Афент. Однако эта гипотеза слабее, поскольку связь с конкретным ремеслом и живым прозвищем выглядит более естественной для русской фамилии, чем книжное имя, да ещё и в сокращённом виде.

Уже в XV–XVI веках фамилии в среде богатых людей начинают закрепляться и передаваться из поколения в поколение, обозначая принадлежность человека к конкретной семье. Так потомок человека по прозвищу Афеня со временем получил фамилию Афентьев.