Фамилия Афентов — один из тех случаев, когда за привычно звучащей фамилией стоит не прозвище или ремесло, а редкая народная форма крестильного имени. В основе лежит имя Афиноген, которое переводится с греческого как «потомок богини Афины». В русской бытовой среде это имя часто упрощали и сокращали, отбрасывая часть звуков, — так появилась просторечная форма Афент. Именно от неё и образовалась фамилия с помощью типичного для русских фамилий суффикса -ов, указывающего на принадлежность: Афентов — буквально «сын Афента» или «из рода Афента».

Модель образования здесь классическая для крестьянской и мещанской среды XVII–XIX веков: полное имя давали при крещении, а в обиходе и в документах фиксировали упрощённый вариант. Форма Афент встречается значительно реже, чем, скажем, Афоня или Афиня, поэтому фамилия Афентов остаётся довольно редкой. В ней не чувствуется географической привязки к какому-то одному региону — скорее, это случайная фиксация локального произношения в конкретной семье.

С точки зрения словообразования обращает на себя внимание суффикс -ов, а не -ин, хотя имя Афент оканчивается на согласный. Это стандартный механизм: от мужских имён на твёрдый согласный образовывали фамилии на -ов, и фамилия Афентов — ровно такой случай. Редкость самой основы делает фамилию ценной для этимолога: она сохранила ту ступень народной переработки греческого имени, которая в других семьях была вытеснена более привычными формами.