Фамилия Афенова — редкий случай, когда написание прямо указывает на диалектное происхождение. В ней нет суффикса -ов в привычном виде: основа Афен- образована от имени или прозвища, а -а — это женское окончание, закрепившееся в фамилии. Такая модель встречается в северных и сибирских говорах, где фамилии на -а (типа Шилова, Морозова) нередко сохраняли старую форму родительного падежа или просто отражали местное произношение.

Самая вероятная версия: Афенов — это вариант фамилии Афиногенов или Афонасьев, но с редукцией и утратой слогов. В русских говорах имя Афанасий (от греческого «бессмертный») часто сокращали до Афоня, Афеня, Афенка. От такой уменьшительной формы и пошла фамилия Афенов, а её женский вариант Афенова закрепился за дочерью или женой Афени. Подтверждение — словарь Б. Унбегауна, где он отмечает, что фамилии на -ов/-ев от просторечных форм имён — массовое явление, особенно в крестьянской среде.

Менее вероятно, но возможно: связь с диалектным словом «афеня» — так в некоторых областях называли офеней, то есть коробейников, бродячих торговцев. В этом случае прозвище Афеня давали человеку, который ходил с товаром по деревням, и оно со временем стало фамилией. Однако фонетически «офеня» (от греческого «афинянин») перешло бы в Офенов, а не Афенов, поэтому версия с именем Афанасий выглядит убедительнее.

Географически фамилия встречается в основном в центральной России и Поволжье — там, где имя Афанасий было особенно популярно среди крестьян. Сословно это почти наверняка крестьянская фамилия: ни в дворянских родословных, ни в купеческих гильдиях Афеновы не зафиксированы. Суффикс -ов указывает на русскую патронимическую модель, а само имя-основа — на простонародный быт XVIII–XIX веков.

Таким образом, Афенова — это фамилия, родившаяся из живого разговорного языка. Её носительница — потомок человека по имени Афеня, то есть Афанасия, которого в семье звали ласково и по-домашнему.