Фамилия Афенин — редкая и неочевидная. На первый взгляд кажется, что в её основе лежит имя Афанасий (через форму Афеня), но при ближайшем разборе выясняется, что это лишь одна из версий, причём не самая прямая.

Словообразовательная модель указывает на патроним (фамилию по отцу) с суффиксом -ин. Этот суффикс в русских фамилиях присоединялся к основам, оканчивающимся на -а или -я. Значит, предка могли звать Афеня. Откуда взялось это прозвище или имя?

Самая правдоподобная версия — от канонического имени Афиноген. В просторечии оно сокращалось до Афеня (как Евгений — до Женя). В этом случае фамилия Афенин означает «сын Афени». Менее вероятна связь с именем Афанасий: от него обычно образовывали формы Афоня, Фоня, а не Афеня. Однако в некоторых говорах замена «о» на «е» могла дать и такой вариант.

Есть и другой корень — диалектный. В северных и сибирских говорах «афеня» (или «офеня») — это бродячий торговец, коробейник. Офени ходили по деревням с мелким товаром: иголками, лентами, лубочными картинками. Если прозвище Афеня закрепилось за человеком именно по роду занятий, то фамилия Афенин рассказывает о предке-разносчике. Эта версия подкрепляется тем, что слово «офеня» имеет собственный тайный язык (феня), а фамилия с корнем «афен-» встречается именно в тех регионах, где офенство было развито — во Владимирской, Костромской, Ярославской губерниях.

Таким образом, фамилия Афенин с равной долей вероятности могла произойти либо от церковного имени Афиноген (через обиходную форму), либо от прозвища по профессии. Второй вариант делает фамилию более редкой и конкретной — она связывает носителя не с абстрактным святым, а с вполне живым образом странствующего торговца, который в XIX веке был заметной фигурой в русской деревне.