Фамилия Афендико — редкий случай, когда греческое происхождение не вызывает споров. В её основе лежит греческое слово «афендис» (αφέντης) — «господин, хозяин, владыка». В византийской и поствизантийской традиции так обращались к знатному человеку, светскому правителю или духовному лицу. Это аналог турецкого «эфенди», но с более ранней историей, уходящей корнями в средневековую Грецию.

Ключевая особенность фамилии — гибридная модель. Греческую основу «Афенди-» скрепили с типичным украинским или южнорусским патронимическим суффиксом «-ко». В славянской среде этот суффикс присоединяли к прозвищам и именам, чтобы указать на потомка. Таким образом, Афендико буквально означает «сын господина» или «потомок того, кого звали Афендис». Сама конструкция «греческая основа + славянский суффикс» типична для фамилий греков Приазовья — достаточно вспомнить Хаджико, Янко или Павленко. В чисто греческой среде фамилия звучала бы как Афендис или Афендулис.

Вероятнее всего, фамилия сложилась на землях Новороссии или Кубани, где в XIX веке оседали греческие переселенцы из Османской империи. Бежавшие от турецкого гнёта греки нередко получали прозвища по социальному статусу или роду занятий. «Афендис» могло быть и ироничным прозвищем для человека, который держался с достоинством, и реальным титулом сельского старосты или священника. В современных базах данных фамилия локализуется в Краснодарском крае, Ростовской области и в Греции (в формах Αφεντάκης, Αφεντούλης).

Стоит обратить внимание на написание. Основной вариант — с одной «ф»: Афендико. Вариант с удвоенной «фф» (Аффендико) — результат поздней канцелярской ошибки или случайного сближения с итальянским глаголом affendere («обижать»), что этимологически неверно. Известных носителей, оставивших след в большой истории, нет — фамилия осталась в тени, сохраняя память о тех, кого в греческих сёлах называли «господином» не по рождению, а по уважению.