Фамилия Афендиковы (в документах чаще встречается форма мужского рода — Афендиков) образована от прозвища Афендик. В основе лежит слово «афенди» (или «эфенди») — в Османской империи и некоторых других мусульманских странах так обращались к уважаемому, образованному человеку, часто к духовному лицу или чиновнику. Само слово «эфенди» восходит к позднегреческому aphéntes («повелитель»), а то, в свою очередь, к древнегреческому authéntes — «господин, владыка». Получается, что прозвище Афендик, скорее всего, дали человеку, которого окружающие считали важным, солидным или просто обращались к нему с подчеркнутым почтением.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Афендик- добавили типичный для русских фамилий суффикс -ов. Форма Афендиков буквально означает «сын Афендика», «принадлежащий Афендику». Это патронимическая фамилия, то есть указывающая на отца или предка по мужской линии.

В отличие от многих фамилий, где тюркская основа лежит на поверхности (например, от татарского имени), здесь интересна двойная заимствованная природа корня: греко-византийское слово пришло в турецкий, оттуда — в качестве прозвища — в русскую среду. Это говорит о контактах носителей фамилии с тюркской культурой, возможно, в среде казачества, купечества или в южных регионах России.

Суффикс -ик в прозвище Афендик — уменьшительный или, что вероятнее, адаптирующий, позволяющий «обрусить» заимствованное слово и встроить его в систему русских прозвищ. Окончание -ов однозначно указывает на русскую фамильную модель, поэтому фамилию Афендиковы стоит считать не тюркской, а русской фамилией с тюркским корнем.

Точных сведений о сословной принадлежности рода нет. Прозвище Афендик мог получить как выходец из духовенства или купечества, так и простой человек, которого за важный вид прозвали «эфенди». Фамилия нечастая, встречается в основном в центральных и южных областях России, а также среди потомков казачества.