Фамилия Афендиков образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Фамилия Афендиков образована от прозвища Афендик, восходящего к тюркскому «афенди». В некоторых мусульманских странах слово «афенди» (или «эфенди») употребляется как форма обращения к уважаемому человеку. Считается, что само слово «афенди» пришло из позднегреческого aphéntes (или древнегреческого authéntes) — «повелитель, господин». Таким образом, можно предположить, что основатель рода Афендиковых был человеком из высшего сословия или всеми уважаемым господином. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Афендик, со временем получил фамилию Афендиков. О точном месте и времени возникновения фамилии Афендиков в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Афендиков представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.