Фамилия Афендиков образована от прозвища Афендик, восходящего к тюркскому «афенди». В некоторых мусульманских странах слово «афенди» (или «эфенди») употребляется как форма обращения к уважаемому человеку. Считается, что само слово «афенди» пришло из позднегреческого aphéntes (или древнегреческого authéntes) — «повелитель, господин». Таким образом, можно предположить, что основатель рода Афендиковых был человеком из высшего сословия или всеми уважаемым господином. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Афендик, со временем получил фамилию Афендиков.