Фамилия Афендулиди — одна из тех, что сразу выдают греческое происхождение. Её выдают характерные суффиксы: -ди и -лиди, которые в греческой ономастике часто указывают на принадлежность к роду или месту. В основе фамилии лежит именование Афендул, а оно, в свою очередь, восходит к тюркскому слову «эфенди». В переводе с тюркского «эфенди» означает «господин» или «повелитель».

В XV–XX веках этим словом в Османской империи обозначали титул и офицерское звание. «Эфенди» ставили сразу после имени — например, Ахмед-эфенди. Обращались так и к мужчинам («бей-эфенди»), и к женщинам («ханым-эфенди»), а иногда и к иностранцам, не исповедовавшим ислам. Примечательно, что в османском обществе эфенди считались все грамотные граждане — в отличие от неграмотных. В военной иерархии звание «эфенди» соответствовало европейскому лейтенанту.

Таким образом, именование Афендул могло указывать на высокий социальный статус его носителя или на его образованность. Греческий суффикс -иди (в русской передаче часто -иди или -ди) означает «сын» или «потомок». То есть Афендулиди — буквально «сын Афендула». Фамилия распространена среди понтийских греков, которые жили на черноморском побережье Турции, а после обмена населением в 1920-х годах оказались в Греции и странах бывшего СССР. Встречаются и варианты написания — Афендулидис, с сохранением греческого окончания.