Фамилия Аферкина — женская форма, а её основа — мужская фамилия Аферкин. Это типичная русская «фамилия-прилагательное» с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Аферкин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Аферка. Такие фамилии в XV–XVII веках чаще всего получали крестьяне и посадские люди, и образованы они были от обиходных форм крестильных имён или прозвищ.

Имя Аферка — это народная, разговорная форма канонического имени Еферий, которое в православных святцах встречается редко. В русской традиции «Еферий» через аканье и упрощение превратилось в Афер: так же, как Ефим стал Афимом, а Евдокия — Авдотьей. Суффикс -ка придавал уменьшительно-ласкательный или бытовой оттенок: Аферка — это «маленький Афер» или просто обиходное имя. В документах XVI–XVII веков встречаются записи «Аферка Иванов сын», что подтверждает реальность такого имени.

Есть и вторая, менее вероятная версия: основа могла быть прозвищной. В некоторых говорах «афера» означала хитрость или обман, но вряд ли прозвище «Аферка» давали человеку с таким явным негативным оттенком — скорее, это была бы фамилия с суффиксом -ов (Аферов). Кроме того, в русских говорах слово «афера» закрепилось довольно поздно, в XVIII–XIX веках, а фамилии на -ин обычно старше.

Географически фамилия Аферкина редкая. Наибольшая концентрация носителей — в Поволжье, особенно в Нижегородской области, а также в некоторых районах Ульяновской и Самарской областей. Это указывает на возможную региональную привязку: предки могли быть крестьянами из тех мест, где имя Еферий или его форма Афер были в ходу среди старообрядцев или просто в замкнутых общинах.

Таким образом, корни фамилии уходят в русскую народную ономастику, где редкое церковное имя через бытовое сокращение дало жизнь фамилии. Предки носителей фамилии Аферкина — скорее всего, крестьяне или посадские люди, чьё родовое прозвище закрепилось за потомками.