Фамилия Аферкина — женская форма, её основа — мужская фамилия Аферкин. Она образована по типичной русской модели с суффиксом -ин, который отвечает на вопрос «чей?»: Аферкин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Аферка. Такие фамилии, как правило, старше фамилий на -ов и -ев, они массово закрепились за крестьянами и посадскими людьми в XV–XVII веках.

В центре фамилии — имя Аферка. Это народная, разговорная форма редкого канонического имени Еферий. В русской традиции «Еферий» через аканье и упрощение превратилось в Афер: так же, как Ефим стал Афимом, а Евдокия — Авдотьей. Суффикс -ка придавал уменьшительно-ласкательный или бытовой оттенок: Аферка — это «маленький Афер» или просто обиходное имя. В документах XVI–XVII веков встречаются записи «Аферка Иванов сын», что подтверждает реальность такого имени.

Есть и вторая, менее вероятная версия: основа могла быть прозвищной. В некоторых говорах «афера» означала хитрость или обман. Но вряд ли прозвище «Аферка» давали человеку с таким явным негативным оттенком — скорее, это была бы фамилия с суффиксом -ов (Аферов). Кроме того, в русских говорах слово «афера» закрепилось довольно поздно, в XVIII–XIX веках, а фамилии на -ин обычно старше.

Географически фамилия Аферкина редкая. Наибольшая концентрация носителей — в Поволжье, особенно в Нижегородской области, а также в некоторых районах Ульяновской и Самарской областей. Это указывает на возможную региональную привязку: предки могли быть крестьянами из тех мест, где имя Еферий или его форма Афер были в ходу среди старообрядцев или просто в замкнутых общинах. Сама фамилия — живое свидетельство того, как редкое церковное имя через бытовое сокращение дало жизнь родовому прозванию.